A hiányállapot kialakulásának számos oka ismeretes az elégtelen táplálkozástól az erős fizikai megterhelésen át egyes krónikus betegségekig. A fontos kockázati tényezők közé tartoznak egyes gyógyszerek is: vagy mert felgyorsítják a magnézium kiürülését a szervezetből vagy rontják annak felszívódását, így hatásukra megnövekszik a magnéziumszükséglet.
Vízhajtók és hashajtók: a magnéziumot a vese választja ki és a vizeleten keresztül távozik a szervezetből, a vízhajtó szerek egyes típusainak szedése mellett tehát megnövekedhet a kiürülő mennyiség. Mivel hasmenéssel is nagy mennyiségű magnézium távozhat, egyes hashajtó szerek is hozzájárulhatnak a hiánytünetek kialakulásához.
Az ösztrogén tartalmú fogamzásgátló szerek szintén csökkenthetik a szervezet magnéziumszintjét; az ilyen gyógyszert szedő nőknél is felléphetnek a magnéziumhiánynak tulajdonítható problémák.
Az antibiotikumok egyes típusai (aminoglikozid, amphotericin, pentamidin, gentamicin, tobramicin); az erős gyulladáscsökkentő kortikoszteroidok, mint a hidrokortizon; a szív-és érrendszeri betegségekre használt gyógyszerek, amelyek szívklikozidokat tartalmaznak, és egyes szívritmus szabályozó (antiaritmiás) szerek hatására is jelentkezhetnek alacsony magnézium-szinttel összefüggő panaszok.
A Platinol nevű rák-ellenes gyógyszer és más immunszuprasszív gyógyszerek, mint a Sandimmun Neoral; a kemoterápiában alkalmazott antineoplasztikus hatású szerek ugyancsak kedvezőtlenül befolyásolják a szervezet magnéziumszintjét.
