A szökőkutak vize szennyeződhet porral, talajszemcsékkel, állati ürülékkel. Amennyiben nem gondoskodnak a megfelelő tisztításról, fertőtlenítésről, illetve ha a szökőkút nem üzemel folyamatosan, a kút belső felszínén olyan élőbevonat (nyálkás, csúszós réteg) alakul ki, amit a hagyományos technológiákkal nehéz eltávolítani. A kórokozók elszaporodhatnak az élőbevonatban, ami egyúttal rejtekhelyként is szolgál számukra a fertőtlenítőszerekkel szemben. Egy meleg nyári napon a szökőkutakban lévő víz könnyen felmelegszik, a 25°C feletti hőmérséklet pedig szintén elősegíti a mikroorganizmusok elszaporodását.
A szennyeződésekkel elsősorban hasmenést okozó mikroorganizmusok (egysejtűek, baktériumok és vírusok) kerülnek a szökőkútba. A fertőződés lehetősége akkor áll fenn, ha a vizet véletlenül lenyelik (pl. pancsolás közben, vagy vizes kézzel élelmiszert megfogva). Az ilyen jellegű fertőzésekre a gyerekek a felnőtteknél fogékonyabbak. Ha valaki csak a lábát lógatja a vízbe, az ebből szempontból nem jelent kockázatot.
A szökőkutak esetében kiemelten fontos egy ún. "feltételesen kórokozó" baktérium, a Legionella. A Legionella baktériumok a vízhálózatokon keresztül jutnak a szökőkutakba, és a nyári kánikula idején elszaporodhatnak. A szökőkutakban üzemelés közben nagy mennyiségű vízpermet keletkezik, amit könnyen belélegezhet az, aki benne fürdik. Az apró vízcseppekkel a legionellák a tüdő léghólyagocskáiba is képesek lejutni és helyileg gyulladást okozni.
A betegség súlyossága az enyhe influenzaszerű tünetektől az akár halálos kimenetelű tüdőgyulladásig terjedhet. A Legionella az egészséges emberre és gyermekekre nézve általában veszélytelen, de egy legyengült immunrendszer esetén megbetegedést válthat ki. Elsősorban az idősek, az erős dohányosok és a daganatos vagy immunológiai betegek számára jelent kockázatot.
Az esetleges fertőződéseket megelőzendő, fontos, hogy az emberek a kánikula idején is tartsák be a higiénés szabályokat, ne használják fürdésre a dekorációs célból létesített szökőkutak vizét, ne hűsítsék vele arcukat, nyakukat. Az ún. interaktív szökőkutak kialakítása és üzemeltetése más módon történik, mivel ezeket közvetlen érintkezésre tervezték, így ezek kevésbé kockázatosak.
