Friss felmérések szerint a kórházi fertőzések igen komoly problémát jelentenek szerte a világban, hiszen mindent összevéve több ember halálát okozzák, mint az autóbalesetek vagy a mellrák. Az ilyen fertőzések a kórházba kerüléstől számított 72 órán belül, illetve a hazabocsátás után akár 10 nappal is megtámadhatják az emberek szervezetét, ráadásul okozói között sok a gyógyszeres kezelésnek ellenálló mikroba. Könnyen elfertőződhetnek a nyílt sebek, a fekélyek, a műtéti hegek, de a kórházi fertőzések közé tartozik többféle szepszis , torokgyulladás és tüdőgyulladás, légúti, húgyúti és emésztőszervrendszeri fertőzés is. Ezek ellen a kémiai sterilizáló- és fertőtlenítőszerek a legfontosabb eszközeink a kézfertőtlenítésre szolgáló anyagoktól kezdve a környezet fertőtlenítését szolgáló készítményeken át a szűrővizsgálatok vagy műtétek esetén alkalmazandó erősebb fertőtlenítőkig. A leggyakoribbak az alábbiak.
Léteznek sterilizálószerek és erős fertőtlenítők, amelyek teljesen meg tudják semmisíteni a mikroorganizmusokat, és amelyeket elsősorban azoknak a kórházi eszközöknek a biztonságossá alakításához használják, amelyeket az orvosok használnak. Ilyen például a formaldehid, amely folyékony halmazállapotban és gőzként is ki tudja fejteni baktérium-, gomba- és vírusölő hatását, és képes behatolni a baktériumspórákba is, ezért általában a műtéti eszközök sterilizálására használják - alkohollal párosítva. Használata ugyanakkor bizonyos mennyiség felett káros lehet az emberi szervezetre, így kórházi alkalmazását a közelmúltban csökkentették, illetve egyéb, ugyanilyen hatásos (vagy épp hatásosabb) és biztonságosabb aldehidekre cserélték. Ilyen például a glutáraldehid: ezzel a hidegsterilizáló eszközzel lehet például a kötszerek, egyes sebészeti eszközök és például az endoszkópok vagy a fül-orr-gégészeti vizsgálatokhoz szükséges eszközök sterilizálását elvégezni. Használata biztonságos, de nagyobb kitettség esetén bőrproblémákat, allergiát és asztmát is okozhat. Éppen ezért olykor egy viszonylag új, alig húsz éve használt anyagra, az OPA-ra (ortho-phthalaldehidre) cserélik, amelynek kevesebb potenciális mellékhatása van, miközben ugyanannyira hatásos (sőt a mikobaktériumok ellen még hatásosabb is: ezek okozzák például a tuberkulózist) - ugyanakkor drágább.
Műtéti eszközöknél, de már az emberi testen, leginkább bőrfelületeken (például vágások esetén sebmosásra és vérzéscsillapításra) is alkalmazható a széles spektrumú baktérium-, vírus-, spóra- és gombaölő hatású hidrogén-peroxid. Mivel hatásosabb, orvosi műszerek, például endoszkópok esetén egyre többet használják ugyanakkor a perecetsavat is, mikobaktériumok ellen gyakran a hidrogén-peroxiddal keverve.
Szintén a sebfertőtlenítésnél kaphatnak szerepet a jódtartalmú készítmények (a jód alkoholos oldatát hígítják vízzel), amelyek elpusztítják a baktériumokat, gombákat és vírusokat (ezek a készítmények egyébként ivóvíz fertőtlenítésére is használhatóak szükséghelyzetben). Hátrányuk, hogy elősegítik a hegképződést és lassítják a sebgyógyulást, továbbá elszíneződést okoznak és allergiás reakciókat válthatnak ki. Manapság népszerűek a jodofór komplexek, melyek a jód előnyeit hordozzák a fentebb ismertetett hátrányok nélkül.
A kórházakban található kézfertőtlenítők általában alkoholosak: ezek a bőr felületi fertőtlenítésére szolgálnak, mert hatásosabbak a mikoroorganizmusok elpusztításában (például a tuberkulóziséban), mint az egyszerű víz és szappan - amelyet vécéhasználat után ezzel együtt sem szabad elfelejteni, még akkor sem, ha egyébként kézfertőtlenítőt használunk. Az alkoholos kézfertőtlenítők leginkább akkor hatásosak, ha alkoholtartalmuk 60 százalék feletti. 90 százalék felett pedig az alkoholos oldatok már a HIV- vagy az influenzavírust is képesek elpusztítani. Mivel sebbe kerülve fájdalmat okoznak, sebek kezelésére, fertőtlenítésére ezek nem alkalmasak, csak kézmosásra.
A kórházi környezetben egy sokak által ismert, közepesen erős fertőtlenítőszer is elő szokott kerülni: a nátrium-hipoklorit, avagy vizes oldata, a hipó. Kemény felületek vagy kiömlő, fertőzött vér esetén jól alkalmazható, az álhártyás vastagbélgyulladást okozó kórházi fertőzés, a Clostridium difficle ellen pedig különösen hatásos védekezési módnak számít a használata.
