Az NNK jelentős részben a bázisát adó Országos Közegészségügyi Intézet , valamint az Emberi Erőforrások Minisztériuma (Emmi) országos tisztifőorvosi feladatokért felelős helyettes államtitkárának korábbi feladatait veszi át. A központ alá tartozik országos hatáskörrel a közegészségügyi, járványügyi biztonság és a betegbiztonság, az egészségfejlesztés, a kórházhigiéné, az egészségügyi intézmények működési engedélyeztetése és a munkaegészségügy területe.
Az NNK-t az országos tisztifőorvos vezeti, akinek feladatkörébe tartozik a Magyar Honvédség és a rendvédelmi szervek közegészségügyi és járványügyi feladatainak ellátására kijelölt szervek szakmai felügyelete is. Az országos tisztifőorvos tevékenységét helyettes országos tisztifőorvosok segítik, akiket a miniszter nevez ki.
Az Emmi korábbi közlése szerint az NNK részt vesz az országos népegészségügyi programok kidolgozásában, szervezésében, koordinálásában, végrehajtásuk területi és helyi feladataiban. A cél, hogy a hivatal létrejöttével javuljon az országos járványügyi tevékenység gyorsan reagáló képessége, továbbá koordinálja számos olyan terület ellátását, amely erősíti Magyarországon a betegbiztonságot és hozzájárul az állampolgárok egészségi állapotának javításához.
