A kézpreferencia gyökere az agyban keresendő: a jobb agyfélteke a bal oldalt irányítja, a bal pedig a jobb oldalt. Az agyféltekék egyéb folyamatokért és tevékenységekért is felelősek. A tudósok szerint a neurológiai feladatok ilyen megosztása évmilliókkal ezelőtt alakulhatott ki, mert ez hatékonyabb működést tesz lehetővé. A bal agyfélteke például irányíthatott olyan rutinszerű feladatokat, mint a gyűjtögetés, míg a jobb agyfélteke szabadon figyelhette a környezet hirtelen változásait (például ha egy ragadozó közelített) és reagálhatott is erre.
Az őseink által készített eszközök vizsgálata során kiderült, hogy kétmillió évvel ezelőtt még nem alakult ki a kézpreferencia, vagyis az ebből az időszakból származó eszközöket nagyjából ugyanannyi jobb-, mint balkezes készítette. Ha másfél millió évre tekintünk vissza, már érzékelhető némi eltolódás a jobb kéz irányába, míg a 600 ezer évvel ezelőtti emberi maradványokat és eszközöket vizsgálva egyértelmű a jobbkezesség dominanciája (például a fogazat kopása alapján megállapították, hogy az ételt jobb kézzel emelték a szájukhoz az ősemberek).
Az tehát egyértelmű, hogy bekövetkezett egy váltás, azt azonban még nem tudják a szakemberek, hogy miért. A legelterjedtebb elmélet szerint a válasz a beszéd és a nyelv fejlődésében keresendő. Mivel a legtöbb ember agya a beszédfeldolgozást a bal agyféltekében végzi, és a bal félteke irányítja a jobb oldalunkat, a jobbkezesség egyszerű „mellékterméke” lehet annak, hogy az életünkben egyre nagyobb szerepet kapott a nyelv.
A balkezesség tehát ritka, ám közel sem jelent hátrányt, annak ellenére, hogy sokszor ezt sugallják (évszázadokkal ezelőtt a balkezeseket ügyetlenebbnek, akár szellemileg visszamaradottnak is tarthatták), sőt kutatások szerint a balkezesek gyorsabban épülnek fel az agysérülésekből és bizonyos sportágakban is jobban teljesíthetnek.
