Az előző részeket elolvasva most már felvetődik a kérdés, hogyan lesz az atomi folyamatokból kép?
A hidrogén atommagok szervezeten belüli térbeli elhelyezkedésének "letapogatásához" a létrehozott homogén mágneses téren kívül szükséges egy attól eltérő irányú úgynevezett gradiens (mágneses) tér kialakítása is. A gradiens tér "ereje" - nevéből adódóan - a vizsgált testben pontról pontra változik, ezért a kilendülést okozó nagy frekvenciás sugárzás csak egy "térszeletben" rezonál a kilendülő forgó mozgás frekvenciájával (a tér "többi részén" a gradiens térerő folyamatos változása miatt nem jön létre rezonancia). Mivel a detektortekercsben keletkező feszültség a rezonanciából adódik, a keletkező áram ebből a rétegből származó információt hordoz.
A fentiekből adódóan a gerjesztő nagy frekvenciás hullám rezgésszámának változtatásával az egymás mellett lévő rétegek sorban letapogathatók, mivel a rezonáló réteg "vándorol" attól függően, hogy a gradiens tér mely szeletében azonos a kilendülő tengelymozgás frekvenciája a gerjesztő hullám rezgésszámával. A kilendítéshez a szükséges nagy frekvenciás impulzust a beteget körülvevő tekercs szolgáltatja, majd ugyanez a tekercs az impulzus leadása után detektorként működik. Az emberi szövetek egy köbmilliméterében hozzávetőleg 5 x 10
19 proton (azaz hidrogénatom) van. Ebből látható, hogy egy adott "testszeletben" szinte mérhetetlen számú atom kilendülő mozgása által indukált csillapodó elektromos rezgésből indul ki a számítógépes képrekonstrukció, melynek eredménye egy mátrixkép, ami a testet homloksíkú vízszintes vagy középvonali-függőleges síkú metszetben mutatja. A rétegvastagság 5-20 mm között változtatható, a feloldóképesség egésztest-vizsgálatkor 2 mm, koponyavizsgálatkor 1 mm. Az újabb készülékek ennél finomabb felbontást is lehetővé tesznek.
Bizonyos esetekben ugyanazon régió MRI- és a CT-vizsgálata adja az optimális eredményt. Az MRI például hatékonyabb a csontvelő vagy gerincvelő, a CT pedig a csontszövet vizsgálatára. Az MRI kiválóan alkalmas módszer a lágy részek ábrázolására, sőt a véráramlás mérésére is használható. A daganatok elkülönítését környezetüktől az a tény teszi lehetővé, hogy a daganatszövet protonsűrűsége és relaxációs ideje eltér az ép szövetekétől.
A leképzéshez szükséges mágneses térerőnek önmagában nincs kimutatható káros biológiai hatása (legalábbis az alkalmazott tartományban), a gerjesztéshez használt nagy frekvenciás impulzus csak jelentéktelen felmelegedést okoz. Fontos, hogy ha a testbe művi úton mágnesezhető anyag van beültetve (pl. ízületi protézis, jelölődrót, csontrögzítő lemezcsavar, szívbillentyű, pacemaker stb.), az MRI nem végezhető el. Hasonlóképpen a készülék közelébe helyezett bankkártyáról vagy más mágneses adathordozóról (pl. számítógéplemez) az információ könnyen elveszhet.
