Az MRI az anyag elemi részecskéinek egyik fizikai tulajdonságán alapulva teszi lehetővé, hogy ionizáló sugárzás (tehát káros sugárterhelés) nélkül lehessen szummáció nélküli rétegfelvételeket alkotni az emberi test belsejéről.
Az MRI-leképzés (a bonyolult atomfizikai jelenségeket a megérthetőség kedvéért végletekig leegyszerűsítem) azon alapul, hogy a protonok és a neutronok rendkívül gyors tengely körüli forgást végeznek. Ebből a forgó mozgásból úgynevezett impulzusnyomaték (spin) származik. Ha az atommag páros számban tartalmazza összetevőit, a nukleonokat, akkor impulzusnyomatékai semlegesítik egymást. Ha azonban az összetevők páratlan számúak, akkor magának az atomnak is lesz perdülete. Az atommag gyors pörgése során igyekszik - képzeletbeli - forgástengelyét megtartani, a tengely irányát csak erőhatásra lehet megváltoztatni. Az atom mágneses tulajdonsága miatt mágneses tér alkalmazásával a forgástengely megváltoztatható, iránya az erővonalaknak megfelelően áll be. Ha a mágneses térben ebből a helyzetből kitérítjük, az atom tengelye némi imbolygás (úgynevezett precessziós mozgás) után visszaáll a mágneses tér által megszabott irányba. Ennek a körbe futó kilendülő mozgásnak csak adott (az alkalmazott mágneses térerő által meghatározott) frekvenciája lehet, mint ahogy a tengely megváltoztatásához is pontosan meghatározható energia szükséges. IX. évf./6. szám